Internet Apotheken locken ihre Kunden vor allem mit günstigen Preisen. Frei verkäufliche Medikamente sind oftmals bis zu 30% günstiger, als in der konventionellen Apotheke. Selbst für verschreibungspflichtige Medikamente, die in der Regel einer Preisbindung unterliegen, gewähren verschiedene Internetapotheken Rabatt.
Möglich wird diese attraktive Preisgestaltung, da Internetapotheken in deutlich größeren Mengen einkaufen können als der Apotheker vor Ort. Letzterer darf nur drei Filialen betreiben und ist daher nicht in der Lage, zu ähnlich guten Konditionen einzukaufen. Internet Apotheken arbeiten hauptsächlich vom benachbarten Ausland und können so im wirklich großen Stil günstig einkaufen und anschließend den gesamten deutschsprachigen Raum beliefern. Hier werden die Ersparnisse beim Einkauf direkt an den Kunden weitergegeben.